正确答案 ：A

解析

考查法律-刑事诉讼法。存疑时有利于被告原则的关键要件包括：（1）事实无法查清或查清事实所需成本过高的；（2）有利于被告的原则判决。结合选项来看，A项中，“缺少直接证据证实”符合（1），无罪判决符合（2），符合存疑时有利于被告原则；B项中，“无法确信某犯罪行为是否超过追诉时效”符合（1），但“应当追诉”则不利于被告，即不符合（2）；C项中，没有“事实无法查清或查清事实所需成本过高的情况”，不符合（1）；D项中，并没有无法查清的事实，只是暂时还没有查清，不符合定义中“存疑时”时的情况，即不符合（1）。故本题选A。